Μετά το τέλος του πολέμου στις γειτονιές της Αθήνας άρχισαν σιγά-σιγά να σχηματίζονται αθλητικοί ποδοσφαιρικοί Σύλλογοι . Στην Ηλιούπολη ανεξάρτητοι Σύλλογοι ήταν ο ΠΑΟ Ηλιούπολης, η Φλόγα, ο Διγενής κ.α.

Ο ΠΑΟ Ηλιούπολης και η Φλόγα ομάδες ο μεν πρώτος από την περιοχή της Αγίας Μαρίνας και ο άλλος από το Νησάκι, περιοχές οι οποίες με την αύξηση του πληθυσμού της πόλης είχαν ενωθεί, μετά από συζητήσεις των παραγόντων τους, αποφάσισαν το 1967 να συγχωνευθούν και να ονομασθεί ο νέος Σύλλογος «Γ.Σ. Ηλιούπολις» με πρώτο Πρόεδρο τον Κ. Πουλιάδη.

Τα χρώματα της ομάδας ήταν το μπλέ από τον ΠΑΟ Ηλιούπολις και το κόκκινο από την Φλόγα.

Με την πάροδο των χρόνων και τις ανάγκες της νεολαίας το 1972 ιδρύθηκε το τμήμα μπάσκετ του Συλλόγου και ακολούθησαν το Βόλεϊ και τα υπόλοιπα τμήματα.

Σήμερα ο Σύλλογος είναι από τους μεγαλύτερους στην Ελλάδα και αθλούνται 2.000 περίπου αθλητές σε 9 ολυμπιακά αθλήματα.